В школе имеется столовая, соответствующая всем санитарным нормам.
В столовой, где 72 посадочных места, имеется необходимое оборудование, позволяющее обеспечить 100% охват горячим питанием. Дети - сироты, а также дети из семей, находящихся в трудной жизненной ситуации, обеспечиваются бесплатным питанием.
В здании начальной школы имеется медицинский кабинет. Медицинское обслуживание по договору осуществляет медицинская сестра из Онохойской поликлиники.
Работники школы ежегодно проходят медицинский осмотр согласно графика. Ежегодно заключается договор о медицинском обслуживании.
Анализ состояние здоровья учащихся МБОУ Онохойской СОШ №2 за три учебных года свидетельствует о снижении количества детей первой группы здоровья (абсолютно здоровых). Соответственно, фиксируется рост количества детей второй и третьей группы здоровья
Анализ распределения учащихся МБОУ Онохойской СОШ №2 по физкультурным группам за три учебных года свидетельствует об увеличении числа детей, освобожденных от занятий физкультурой. Ребята подготовительной группы занимаются вместе с детьми основной группы с учетом рекомендаций врачей.
В школе особое внимание уделяется спортивно – оздоровительной и профилактической работе.
Два раза в неделю организуется выезд учащихся в бассейн «Дельфин» в с. Новая Брянь для проведения занятий физкультуры.
Большое внимание уделяется пропаганде здорового образа жизни: проводятся различные акции, классные часы, спортивные мероприятия, дни здоровья, конкурсы рисунков, плакатов, сочинений на данную тематику.
Активно работает волонтерское движение «Магистраль».